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1997년 외환 위기 당시 경영개선조치가 취해졌고 2000년 대한민국 정부의 금융구조조정을 통해 자구책을 마련하도록 하였으나 미흡하여 2000년 12월 신한은행은 제주은행을 위탁경영한 후 자회사로 편입하기로 결정했는데 두 은행의 대주주가 모두 일본계(재일동포)이기 때문인 것으로 알려졌다. 2001년 예금보험공사에서 공적자금을 제주은행에 투입하였으며 2002년 5월 신한금융지주의 자회사로 편입됐다.
제주은행의 경우에는 제주도민의 메인 은행인데요. 정기예금, 사어버우대 예금, 제주car드림 모바일, 삼다수 카드 등등의 청정 제주를 닮은 카드도 하고 있습니다. 그리고 한번 나중에 제주에서 살고 싶으면 좋겠다고 해서 제주은행 통장도 미리 하나 만들어 놓기도 했습니다.